În ultima vreme a început să fie cultivată şi cafea ecologică, marca Fairtrade fiind cea mai renumită şi răspândită. Cafeaua este cultivată în mod organic şi biologic.

Acest lucru presupune multă muncă, precum şi cunoştinţe privind cultura mixtă cu arborii din regiune. Îngrăşămintele naturale folosite sunt reziduuri de plante. Buruienile sunt plivite cu mâna, iar dăunătorii sunt eradicaţi fără pesticide. Ţelul suprem reprezintă ameliorarea condiţiilor de trai ale familiilor de ţărani prin întoarcerea la valorile şi cunoştinţele tradiţionale, precum şi încurajarea auto-determinării.
Una dintre consecinţele epocii coloniale a fost trecerea de la micile întreprinderi de familie la marile plantaţii de cafea. Pentru a creşte producţia şi, implicit, câştigurile, s-a purces în mare parte la monocultură. Această formă de cultivare a pământului a făcut necesară introducerea îngrăşămintelor minerale şi a pesticidelor. Cafeaua ecologică provine însă doar din culturile îngrijite de familiile de ţărani care s-au asociat în cooperative. Stimularea acestor structuri familiale ţărăneşti este esenţială, mai ales în ceea ce priveşte protecţia mediului şi agricultura durabilă.
Aceste familii de ţărani nu folosesc - în mare parte din pricina costurilor - pesticide şi îngrăşăminte artificiale. Culturile mixte, întinse pe suprafeţe reduse, prezintă o concentraţie mult mai slabă de CO2 decât monoculturile.
În plus, prin încurajarea culturilor familiale, ţăranii nu mai trebuie să îşi abandoneze pământul, mutându-se în slums-urile de la oraş. Cafeaua ecologică este aşadar produsă într-un mod mult mai ecologic decât cea convenţională.
Ca regulă de bază în cultivarea cafelei ecologice a arborilor de cafea, trebuie preferaţi acei arbori de cafea care sunt mai rezistenţi la dăunători şi bolile din regiune.
Pe suprafeţele de cultivate se menţine o cultură mixtă, cu arbori simpli sau fructiferi - banane, ananas, papaya sau plante aromatice - astfel se va evita procesul de eroziune şi s-a renunţat pe cât posibil la îngrăşămintele minerale şi la pesticide. În locul acestora s-a îngrijit suprafaţa cultivată prin plivirea de mână, administrarea intensivă de îngrăşăminte naturale şi păstrarea sănătăţii plantelor. Acest tip de culturi ecologice nu poate funcţiona decât dacă producătorii sunt şi remuneraţi în mod corespunzător pentru efortul suplimentar.